Le microbiote intestinal (appelé aussi flore intestinale) est l’ensemble des micro-organismes qui se trouvent dans le tube digestif.
Le microbiote intestinal (appelé aussi flore intestinale) est l’ensemble des micro-organismes qui se trouvent dans le tube digestif.
Le microbiote intestinal est à la mode ! Il s’agit d’un « nouvel » organe que nous apprenons à connaître. Doté de gènes et d’un métabolisme propre, il a un impact majeur sur notre organisme. Ainsi, il influence notre métabolisme, notre système immunitaire, et peut même expliquer l’effet variable de certains médicaments chez 2 personnes différentes.
Dans de nombreuses maladies allant des maladies inflammatoires de l’intestin jusqu’au syndrome de l’intestin irritable, en passant par le syndrome métabolique, les troubles neuro-développementaux, les maladies auto immunes, les maladies allergiques, et même le cancer colorectal, le microbiote intestinal diffère chez les sujets sains par rapport aux malades. On parle alors de dysbiose intestinale (déséquilibre du microbiote intestinal), sans qu’un lien de causalité puisse être formellement établi entre cette dysbiose et ces pathologies humaines.
Dans un avenir proche, l’analyse du microbiote intestinal permettra probablement de développer des moyens thérapeutiques nouveaux, au delà des pré et pro-biotiques actuels et de la transplantation de microbiote fécal, terriblement efficace mais drastique.
Le microbiote intestinal, un nouvel organe
Depuis une quinzaine d’années, des méthodes d’analyse indépendantes de la culture (basées sur la carte d’identité moléculaire des bactéries – ARN 16s), ont permis l’essor de la recherche sur ce que l’on peut considérer comme un « nouvel » organe à part entière, avec son génome (le microbiome) et ses fonctions métaboliques propres.
Chez l’adulte, le microbiote intestinal est composé d’environ 1014 bactéries, (soit 10 fois plus que le nombre de cellules humaines) et comporte plus de 3 millions de gènes, soit environ 150 fois le génome humain. Notre microbiote a co-évolué avec nous depuis des millénaires. Après la naissance, le microbiote se met en place sous l’influence de nombreux facteurs d’environnement déterminés par l’alimentation, le mode de vie et les traitements. Puis, il se stabilise vers l’âge de 2-3 ans pour ressembler au microbiote adulte. Ensuite, il reste stable tout au long de la vie avec une forte capacité de résilience après une modification transitoire (prise d’antibiotiques, épisode infectieux digestif…).
Notre organisme sous influence du microbiote intestinal
L’intestin représente la plus vaste surface de contact du corps humain avec l’environnement extérieur (environ 200 m² chez l’adulte). Il est le siège d’une intense interaction entre notre système immunitaire et notre microbiote très polymorphe et très actif. En effet, de nombreuses études ont montré l’importance de la présence du microbiote sur le développement et la maturation de notre système immunitaire, au niveau intestinal, mais également au-delà.
Il a également un rôle métabolique important pour la dégradation des substrats non digérés par l’intestin grêle. La dégradation de ces composés (glucides et protéines contenues dans les fibres alimentaires) génère la production de nombreux métabolites parmi lesquels les acides gras à chaîne courte. Des études récentes suggèrent également que le microbiote intestinal influence notre système nerveux central. Par exemple, de nombreux neurotransmetteurs influençant notre humeur sont produits par les bactéries de notre tube digestif.
Pathologies du monde occidental et dysbiose
De nombreuses pathologies humaines sont beaucoup plus fréquentes depuis ces dernières décennies, dans le monde occidental. Ainsi, on assiste à une augmentation du nombre d’allergies, de maladies inflammatoires (maladies de Crohn, asthme, sclérose en plaque), de maladies métaboliques (obésité, diabète de type 2, syndrome métabolique). Par quels mécanismes notre mode de vie occidentalisé a pu favoriser l’essor de ces pathologies ?
L’hypothèse hygiéniste, de mieux en mieux documentée sur le plan expérimental, propose que la diminution de l’exposition aux agents infectieux a orienté notre système immunitaire dans un sens « pro-inflammatoire ». Ces dernières années, de nombreuses études ont donc cherché à faire le lien entre microbiote et pathologie humaine. Elles ont retrouvé un microbiote « anormal » appelé dysbiose chez les patients souffrant d’allergies, de maladies inflammatoires et de maladies métaboliques.
Quelles applications au quotidien ?
Il est alors tentant d’essayer de modifier le microbiote pour traiter ou prévenir ce type de pathologie. Ainsi, de nombreuses études ont évalué l’efficacité de probiotiques* ou de prébiotiques** en pathologie humaine, en particulier dans le traitement préventif ou curatif des maladies allergiques (asthme, eczéma… ).
Malheureusement, même si les études sont maintenant nombreuses, le nombre de patients est faible, les données parfois contradictoires, les groupes de malades non homogènes, et les souches de probiotiques variables. En conséquence les études récentes ne parviennent pas à mettre en évidence d’effet positif de façon claire. Néanmoins, il est probable que dans le futur, grâce à une recherche particulièrement active sur ce sujet, nous arrivions à moduler le microbiote intestinal de façon efficace, sans avoir à en passer par la transplantation de microbiote fécal qui est actuellement utilisée pour le traitement des infections à Clostridium difficile récidivantes.
* : micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante, exercent des effets positifs sur la santé, au-delà des effets nutritionnels traditionnels.
** : substrat sélectif d’une ou d’un nombre restreint de souches bactériennes bénéfiques qui résident dans le côlon et en stimule la croissance
Docteur Alexis Mosca
